Существует несколько точек зрения относительно того, когда и каким образом сложилось поселение. Одни авторы считают, что здесь, на на прибрежных холмах Микале, сначала сформировалось место почитания Посейдона, а уже затем, в или VIII веке до нашей эры, лидерами ионийских городов был заключен договор о военной и экономической взаимопомощи, известные ныне как Ионийский союз. Однако есть и иная точка зрения: сначала руководители 7 полисов договорились о создании союза, а уже затем, по мере роста альянса, было принято решение о создании небольшого святилища для подношения даров богам и проведения совместных встреч. Надо сказать, что практика создания общих мест для религиозных церемоний и дипломатических встреч была широко распространена в раннюю античность: жители островов Арголийского и Саронического заливов основали общую святыню на острове Калаврии (Порос), а жители Кикладских островов создали примерно в 800 г. до н. э. подобную же святыню на острове Делосе.
Как бы то ни было, уже в VII веке Панионион служил местом проведения обрядов для жрецов. В конце VI века весь район попадает под власть персов, однако ионийцы сохраняют свои верования, и культ Посейдона остается важнейшим в регионе. Историк Геродот (ниже приведен отрывок в изложении английского профессора Альфреда Дениса Годли) в своем монументальном труде "История" пишет о том, что персидский царь Кир предлагал всем ионийцам сдаться и перейти на его сторону в последующих войнах (в первую очередь против Лидии, где правил Крез, и Греции), однако представители всех городов Ионийского союза отказали ему в помощи, причем позже, после падения Лидии, ионийцы стали упрашивать Кира не нападать на них, однако он, памятуя о недавнем отказе, пришел в гнев, услышав такую просьбу, и решил объявить войну. Тогда все ионийцы (кроме представителей Милета) собрались в Панионионе и решили обратиться за помощью к спартанцам.
So he [Cyrus] answered them in anger. But when the message came to the Ionians in their cities, they fortified themselves with walls, and assembled in the Panionion, 1 all except the Milesians, with whom alone Cyrus made a treaty on the same terms as that which they had with the Lydians. The rest of the Ionians resolved to send envoys in the name of them all to Sparta, to ask help for the Ionians.
Далее в своем труде Геродот отмечал Ионию как превосходный во всех отношениях регион:
Эти-то ионяне, которым также принадлежит Панионий, основали свои города, насколько я знаю, в стране под чудесным небом и с самым благодатным климатом на свете. Ни области внутри материка, ни на побережье (на востоке или на западе) не могут сравниться с Ионией. Первые страдают от холода и влажности, а вторые – от жары и засухи.
Несмотря на то, что к концу V века влияние персов в регионе ослабло, а затем и исчезло вовсе, Ионийский союз не смог возродить свое влияние, хотя отдельные его города процветали. Панионион продолжал существовать как небольшой религиозный центр, в котором помимо жертвоприношений Посейдону устраивались различные церемонии, посвященные единству ионийских городов. Его обошли стороной и Александр Македонский в 334 году, и наследники его огромного царства, устроившие несколько междоусобных войск. Возможно, в ту пору святилище было перенесено, т.к. раскопки, проведенные немецкими учеными в 1890-ых годах определили для Паниониона одно места на склоне, а работы прошлого десятилетия, проведенные немецкими и турецкими археологами выявили южнее другой небольшой участок с явными признаками древних религиозных построек, однако это может быть связано и с более поздним переносом. Точно же идентифицировать местоположение Паниониона по трудам древних авторов не представляется возможным в силу существенного изменения береговой линии в данном районе и расхождений в оценке расстояний между античными городами.
К началу нашей эры Панионион пришел в упадок. Историк Диодор, современник Цезаря и Августа, пишет, что ионийцы планировали восстановить культовые алтари на новом месте. Панионион предположительно был покинут на исходе Римской империи. В настоящее время он представляет собой небольшое пространство, свободное от деревьев, где благодаря труду копателей вскрыты небольшие древние постройки. Все сохранившиеся сооружения датируются V-III веком до нашей эры. Лучше всего сохранились ряды небольшого театра. На месте первых раскопок также найдены фрагменты христианской церкви, датируемой VIII веком. Экскурсии в данный район организуются весьма редко; большинство гостей Паниониона посещают его вместе с Приеной или Милли Парком.
